Il prospetto è arricchito da un bel portale risalente alla fine del Trecento, già dichiarato Monumento Nazionale all'inizio del XX secolo, sovrastato da un rosone francescano con dodici raggi, il tutto in stile tardogotico chiaramontano. Le parti superiori della facciata e del campanile sono invece sovrastrutture barocche settecentesche post-terremoto.
All'interno, a lato dell'altare, si conserva una cappella tardo-gotica, anch'essa databile alla fine del XIV secolo, riportata alla luce di recente. Sempre all'interno dell'atrio, sulla destra, è esposta una Madonna del latte (secolo XIV): una statua in cartapesta, originale come tema e da considerare una rarità anche per la datazione, essendo coeva all'edificazione della chiesa. Un altare sulla sinistra accoglie il gruppo statuario in marmo bianco dell'Annunciazione, opera di Antonello Gagini. All'interno della chiesa si conserva anche la tavola di Sant'Alberto (forse facente parte di un polittico), dipinta nei primi anni del Cinquecento (durante la sua residenza siciliana fra il 1513 ed il 1517) da Cesare da Sesto, allievo di Leonardo da Vinci. Girando lo sguardo all'indietro, nella cantoria collocata sopra l'ingresso della chiesa, si ammira un piccolo organo monumentale in legno, il più antico fra quelli ancora funzionanti a Modica, datato 1774. Risale al 2006, invece, durante lavori edili di sgombero, il ritrovamento da parte di un privato, proprietario di un locale attiguo alla chiesa sul lato di via Pellico, di un altro portale gotico di fine Trecento. I lavori di recupero - supervisionati dalla Soprintendenza alle Belle Arti - avvisata della scoperta dallo stesso proprietario - hanno portato anche al rinvenimento di una cripta sotterranea, colma di ossa, probabili reliquie dei monaci carmelitani.

La facciata della chiesa di San Giovanni Evangelista è stata completata fra il 1893 ed il 1901. L'ultima ridefinizione architettonica della facciata fu operata dal capomastro modicano Giuseppe Garofalo Giannone, su disegno dell'architetto Salvatore Rizza di Avola. Ricca di stucchi decorativi all'interno, con le rappresentazioni dei quattro Evangelisti, vi si conserva il gruppo statuario dell'Addolorata, del Cinquecento, composto dalle statue della Vergine Maria e di Marta che piangono Gesù appena spirato, staccato dalla Croce, e sostenuto dalle braccia amorose della Maddalena.

La chiesa di Santa Maria del Gesù (1478-1481) e l'annesso convento (1478-1520) furono costruiti restaurando un preesistente edificio francescano del 1343, e grazie alla volontà e alla munificenza della contessa Giovanna Ximenes de Cabrera, al fine di celebrarvi, nel gennaio del 1481, le nozze della propria figlia Anna con Fadrique Enríquez, primo cugino del Re di Spagna Ferdinando il Cattolico.
La chiesa ha uno splendido chiostro a due ordini in stile tardo-gotico, con tante colonnine variamente decorate e ognuna diversa dall'altra.